内设机构改革后，根据内机编办发[2019]31号文件《中共内蒙古自治区委员会机构编制委员会办公室内蒙古自治区人民检察院关于全区基层人民检察院内设机构设置的批复》规定，设定5个内设机构（下设法警大队）：办公室、政治部、第一检察部、第二检察部、第三检察部。正处级编制，政法专项编25个，事业编2个，现员37人（政法专项编24人、事业编2人、聘用制书记员11人）。

第一检察部。负责刑事案件的审查逮捕、审查起诉、补充侦查、出庭公诉、抗诉、复议、刑事申诉和立案监督、侦查监督、审判监督等工作。负责刑事执行检察工作。

第二检察部。负责民事、行政检察工作。受理控告、举报、申诉，办理国家赔偿案件和国家司法救助案件。负责法律政策研究、检察委员会日常工作等。负责案件管理、人民监督员等工作。负责检查技术等工作。

第三检察部。负责公益诉讼检察工作（含涉及生态环境保护和资源保护、食品药品安全等公益诉讼保护领域的刑事检察工作）。

办公室。负责机关电文、会务档案等工作。协助院领导处理检察业务，组织协调院重要工作部署、重大决策的贯彻实施。起草审核相关文件文稿，处理检察信息，编发内部刊物。负责人大代表联络工作和特约检察员联系工作。负责领导同志批办事项督查工作。负责协调管理新闻宣传工作。负责国有资产、物资装备管理和计划财务工作。负责信息化建设等工作。负责翻译工作。

政治部。负责思想政治工作和组织人事工作。负责机关党建和群团工作，负责队伍建设、思想建设、文化建设、教育培训、离退休干部工作。负责检务督查工作。配合开展纪检监察工作。

司法警察大队。负责办案场所警戒、人员押解和看管等警务事项。